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Boc-β-(3-piridil)-Ala-OH (Boc-3-(3-piridil)-L-alanina) é um aminoácido não natural protegido por Boc apresentando um grupo 3-piridil na posição β da estrutura da alanina. A molécula consiste em um núcleo de L-alanina com um grupo protetor terc-butiloxicarbonil (Boc) no grupo α-amino, um ácido carboxílico livre no terminal C e um substituinte 3-piridil substituindo o grupo metil da alanina natural.

Boc-D-Phe-Pro-Arg-Pro-OH.HCl é um tetrapeptídeo protegido que consiste em quatro resíduos de aminoácidos na sequência D-Phe-Pro-Arg-Pro, com um grupo protetor terc-butiloxicarbonil (Boc) no terminal N e no terminal C como o ácido carboxílico livre, estabilizado como o sal cloridrato.

HD-Lys(Boc)-OtBu.HCl é um derivado de D-lisina protegido ortogonalmente apresentando um grupo α-amino livre estabilizado como o sal cloridrato, um grupo protetor terc-butiloxicarbonil (Boc) na cadeia lateral ε-amino e um éster terc-butílico (OtBu) no terminal C.

Boc-Lys(Boc)-ONp (Nα,ε-di-Boc-L-lisina 4-nitrofenil éster) é um derivado de lisina duplamente protegido com grupos protetores Boc em ambos os grupos α-amino e ε-amino, com um éster 4-nitrofenil (ONp) ativando o terminal C. 

Oxalato de H-N-Me-Trp(Boc)-OAll (oxalato de terc-butil (S)-3-(3-(aliloxi)-2-(metilamino)-3-oxopropil)-1H-indol-1-carboxilato) é um derivado de triptofano N-metilado especializado com proteção ortogonal de seus três grupos funcionais. A molécula incorpora um grupo Nα-metil (H-N-Me), um nitrogênio indol protegido por Boc e um grupo protetor de éster alílico (OAll) no terminal C.

Boc-Val-OH (N-(tert-Butoxicarbonil)-L-valina) é um derivado protegido por Boc do aminoácido essencial de cadeia ramificada L-valina. A molécula consiste em um núcleo de valina com seu grupo α-amino protegido por um grupo terc-butoxicarbonil (Boc), enquanto o ácido carboxílico permanece livre para reações de acoplamento. Esta estratégia de protecção torna o grupo amino inerte sob condições básicas e nucleofílicas, permitindo ao mesmo tempo a desprotecção selectiva sob condições ácidas (tipicamente TFA).