2'-O-Metil-rA(N-Bz)fosforamidita

2'-O-Metil-rA (N-Bz) Fosforamidita é um monômero de fosforamidita modificado que pode ser usado para síntese de oligonucleotídeos. A modificação 2'-O-metil confere considerável resistência à nuclease aos oligonucleotídeos, preservando as propriedades de ligação de hidrogênio dos duplexes de RNA/RNA de forma mais fiel do que os híbridos de DNA/RNA. Em aplicações de interferência de RNA (RNAi), a 2'-O-Metil-rA(N-Bz) Fosforamidita é frequentemente incorporada nas cadeias sense e antisense de pequenos duplexes de RNA interferente (siRNA) para aumentar a estabilidade do soro e reduzir os efeitos fora do alvo sem comprometer a atividade do RNAi. A fosforamidita 2'-O-Metil-rA (N-Bz) também serve como um bloco de construção crítico na síntese química de oligonucleotídeos de RNA contendo modificações de 2'-O-metiladenosina específicas do local; os grupos protetores (DMT em 5 ', Bz em N6, CE fosforamidita em 3') permitem a montagem gradual de cadeias de RNA com alta fidelidade e controle em sintetizadores automatizados de DNA/RNA. Além da terapêutica de RNA, a 2'-O-Metil-rA (N-Bz) Fosforamidita encontrou aplicação na síntese de modelos de RNA ramificado com fosfato para o estudo de arquiteturas incomuns de RNA e na preparação de sondas oligonucleotídicas fluorescentes termicamente estabilizadas.

Parâmetros do produto

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Vantagens do produto

1. Modificação 2′-O-Metil para resistência à nuclease e estabilidade térmica

A modificação 2'-O-metil na posição 2' da ribose é uma das modificações químicas mais extensivamente validadas na terapêutica de oligonucleotídeos. Oligonucleotídeos incorporando 2'-O-Metil-rA (N-Bz) Fosforamidita exibem resistência marcadamente aumentada a endo e exonucleases em comparação com RNA não modificado, com estabilidade térmica melhorada de duplexes de RNA / RNA (Tm aumentada) sem comprometer a especificidade do emparelhamento de bases de Watson-Crick. Esta modificação foi implantada com sucesso em medicamentos oligonucleotídicos aprovados pela FDA e em vários candidatos em estágio clínico.

2. Proteção N6-Benzoíla para Síntese de Alta Fidelidade

O grupo protetor benzoíla (Bz) na amina exocíclica N6 da base adenina evita reações colaterais indesejadas durante o ciclo de acoplamento da fosforamidita, como eventos de ramificação ou terminação de cadeia causados ​​por depurinação ou acilação. O grupo Bz é removido de forma limpa sob condições padrão de desproteção de oligonucleotídeos (amônia concentrada, 55°C, 8–16 horas ou AMA), produzindo a base de adenina nativa sem subprodutos detectáveis.

3. Pré-organização da conformação do açúcar C3′-Endo

A substituição 2′-O-metil bloqueia o açúcar ribose em uma conformação C3′-endo (Norte) – a mesma conformação adotada pelo RNA em duplexes de forma A. Esta pré-organização conformacional reduz a penalidade entrópica após a hibridização com alvos de RNA complementares, resultando em maior afinidade de ligação (maior Tm) para oligonucleotídeos modificados com 2'-O-metil em relação ao DNA ou RNA não modificado da mesma sequência.

4. Compatibilidade de grupo de proteção padrão para síntese automatizada

A fosforamidita 2'-O-Metil-rA (N-Bz) carrega os mesmos grupos protetores 5'-O-DMT e N6-Bz usados ​​​​em fosforamiditas de RNA padrão, junto com uma fosforamidita β-cianoetil (CE) na posição 3'. Esse design garante integração perfeita aos fluxos de trabalho existentes de sintetizadores automatizados de DNA/RNA, sem a necessidade de protocolos de desproteção especializados ou condições de acoplamento modificadas.

5. Ampla utilidade terapêutica em plataformas de oligonucleotídeos

A fosforamidita 2'-O-Metil-rA (N-Bz) é usada em múltiplas plataformas terapêuticas de oligonucleotídeos: siRNA (modificações de fita sentido e antisense), oligonucleotídeos antisense (ASOs) para silenciamento de genes, aptâmeros para distribuição direcionada e aplicações de diagnóstico e sondas de RNA modificadas para diagnóstico molecular. A modificação 2'-O-metil também é amplamente utilizada em RNAs guia CRISPR-Cas para aumentar a estabilidade e a eficiência de edição.

Cenários de aplicação

1. Desenvolvimento Terapêutico de siRNA

2′-O-Metil-rA(N-Bz) Fosforamidita é usado para introduzir modificações de 2′-O-metiladenosina nas cadeias sentido e/ou antisense de pequenos duplexes de RNA interferente (siRNA) para aumentar a estabilidade do soro, reduzir efeitos fora do alvo mediados pela maquinaria de RNAi (por exemplo, carregamento de cadeia de passageiros) e diminuir a imunoestimulação (ativação de TLR7/8). A modificação 2'-O-metil é um componente padrão de muitas plataformas de siRNA clinicamente avançadas.

2. Fabricação de oligonucleotídeos antisense (ASO)

A fosforamidita 2'-O-Metil-rA (N-Bz) é amplamente incorporada em oligonucleotídeos antisense para aplicações de silenciamento de genes. A modificação 2'-O-metil confere resistência à nuclease a ASOs em fluidos biológicos e aumenta a afinidade de ligação a alvos de RNA complementares sem interromper os mecanismos de clivagem mediados por RNase H (quando posicionado em designs de gapmer 2'-O-metil / 2'-desoxi).

3. Síntese Química de Oligonucleotídeos de RNA

A 2'-O-Metil-rA(N-Bz) Fosforamidita serve como um bloco de construção para a síntese química em fase sólida de oligonucleotídeos de RNA contendo resíduos de 2'-O-metiladenosina específicos do local. Os grupos protetores (5′-O‑DMT, N6‑Bz, fosforamidita CE) são compatíveis com ciclos padrão de síntese de RNA e condições de desproteção (NH₃, 55°C, 8–16 h ou AMA), permitindo integração perfeita em fluxos de trabalho de síntese estabelecidos.

4. Projeto de sonda oligonucleotídica fluorescente

As modificações 2'-O-metil melhoram a estabilidade térmica de sondas fluorescentes (por exemplo, faróis moleculares, sondas TaqMan) usadas em PCR em tempo real e hibridização in situ. A fosforamidita 2′-O-Metil-rA(N-Bz) permite a introdução de modificações estabilizadoras nas sequências de sondas, aumentando a relação sinal-ruído e permitindo uma detecção mais robusta de alvos de RNA de baixa abundância.

5. Desenvolvimento de Aptâmeros Aptâmeros quimicamente modificados incorporando

Os nucleotídeos 2'-O-metil exibem melhor resistência à nuclease, meia-vida in vivo estendida e maior afinidade de ligação ao alvo em comparação com aptâmeros de RNA não modificados. A fosforamidita 2′-O-Metil-rA (N-Bz) é um componente chave para a geração de bibliotecas de aptâmeros modificados com 2′-O-metil por meio de síntese em fase sólida.

6. Modificação do RNA guia CRISPR-Cas (gRNA)

Modificações 2'-O-metil colocadas em posições específicas em gRNAs CRISPR-Cas podem aumentar a estabilidade, reduzir a imunogenicidade e melhorar a eficiência de edição em células e in vivo. A fosforamidita 2'-O-Metil-rA (N-Bz) permite a introdução específica do local de resíduos de 2'-O-metiladenosina em gRNAs sintetizados quimicamente.

7. Pesquisa de RNA ramificado com fosfato

Pesquisadores que estudam arquiteturas incomuns de RNA, como RNA ramificado com fosfato, utilizam 2'-O-Metil-rA (N-Bz) Fosforamidita para preparar oligonucleotídeos modelo contendo um único grupo 2'-OH livre para investigar a estabilidade hidrolítica de ligações fosfotriéster ramificadas sob condições fisiológicas.

8. Estudos de estabilidade térmica de oligonucleotídeos modificados

2'-O-Metil-rA (N-Bz) Fosforamidita é usado em estudos sistemáticos da estabilidade térmica (Tm) de duplexes de oligonucleotídeos modificados, incluindo a caracterização de efeitos posicionais de modificações de 2'-O-metil na temperatura de fusão duplex e termodinâmica de hibridização.

9. Síntese de Oligonucleotídeos em Fase Sólida

Desenvolvimento de processos Químicos de processos e especialistas em síntese de oligonucleotídeos usam 2′-O-Metil-rA(N-Bz) Fosforamidita para otimizar condições de acoplamento, protocolos de desproteção e métodos de purificação para fabricação em larga escala de produtos terapêuticos de ácidos nucleicos modificados com 2′-O-metil. A Cosperpharm fornece dados analíticos específicos de lote para apoiar a validação de processos e atividades de expansão.

10. Desenvolvimento de método analítico para controle de qualidade de oligonucleotídeos

A 2′-O-Metil-rA(N-Bz) Fosforamidita é usada como padrão de referência no desenvolvimento de métodos de HPLC e LC-MS para quantificar o conteúdo de nucleosídeos modificados em substâncias medicamentosas oligonucleotídicas e produtos farmacêuticos, bem como para identificar impurezas relacionadas à síntese (por exemplo, remoção incompleta de DMT, produtos de despurinação, subprodutos de oxidação de fosfito).

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