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Fmoc-Cys(Acm)-OH (N-α-Fmoc-S-acetamidometil-L-cisteína) é um derivado de cisteína ortogonalmente protegido onde o grupo tiol é mascarado pelo grupo protetor acetamidometil (Acm) e a função α-amino é protegida pelo grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc). A proteção Acm é estável ao ácido trifluoroacético (TFA), permitindo a desproteção seletiva de tióis de cisteína durante a síntese de peptídeos em fase sólida Fmoc sem expor o peptídeo às condições de clivagem ácida necessárias para grupos protetores de cadeia lateral padrão.

Fmoc-Gly-OH (N-9-fluorenilmetoxicarbonilglicina) é o bloco de construção de aminoácidos protegido por Fmoc mais simples. O grupo Fmoc protege a função α-amino da glicina, permitindo sua incorporação em cadeias peptídicas no Fmoc SPPS. Como o menor e mais flexível aminoácido conformacionalmente, a glicina não introduz nenhum obstáculo estérico na cadeia lateral, permitindo que o Fmoc-Gly-OH seja eficientemente acoplado em todas as posições de uma sequência peptídica com risco mínimo de racemização.

O produto é Fmoc-Pro-OH (N-[(9H-Fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-L-prolina, também conhecido como Fmoc-L-prolina), um elemento fundamental na síntese moderna de peptídeos. Estruturalmente, a molécula apresenta um resíduo de prolina bicíclico - incorporando exclusivamente uma amina secundária como parte de um anel de pirrolidina rígido - protegido em seu terminal N pelo grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) lábil à base, que serve como padrão ouro grupo protetor de amina na síntese de peptídeos em fase sólida.

O produto Fmoc-N-Metil-L-Val-OH (IUPAC: N-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-N-metil-L-valina, também conhecido como Fmoc-N-Me-Val-OH) é um derivado especializado protegido por N-α-Fmoc de N-metil-L-valina. A molécula é construída sobre a cadeia lateral alifática ramificada da valina, mas a modificação estrutural definidora é a substituição do hidrogênio da amida principal por um grupo metil no átomo de nitrogênio.

Fmoc-AzaTrp-OH (Fmoc-L-7-azatriptofano, também conhecido como ácido (S)-2-((((9H-fluoren-9-il)metoxi)carbonil)amino)-3-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)propanóico) é um bloco de construção de aminoácidos protegido por Fmoc especializado que incorpora um sistema de anel aza-indol no lugar do cadeia lateral indol padrão do triptofano. O grupo protetor Fmoc no terminal N permite a integração perfeita nos fluxos de trabalho padrão do Fmoc SPPS, enquanto a porção 7-azatriptofano introduz um átomo de nitrogênio no anel indol que altera significativamente as propriedades eletrônicas e de ligação de hidrogênio da cadeia lateral.

Boc-Pip(Fmoc)-OH (ácido 4-(Boc-amino)-1-Fmoc-piperidina-4-carboxílico, CAS 368866-07-3) é um derivado de aminoácido não natural com restrição conformacional construído sobre um sistema de anel de piperidina. A molécula apresenta um núcleo de ácido piperidina-4-carboxílico com dois grupos protetores ortogonais: um grupo terc-butoxicarbonil (Boc) protegendo o nitrogênio 4-amino e um grupo 9-fluorenilmetoxicarbonil (Fmoc) protegendo o nitrogênio do anel na posição 1.