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Fmoc-beta-Ala-OH (Fmoc-β-alanina, ácido 3-((((9H-Fluoren-9-il)metoxi)carbonil)amino)propanóico, CAS 35737-10-1) é um derivado de β-aminoácido protegido por Fmoc apresentando o grupo protetor Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonil) ligado ao grupo β-amino. Ao contrário dos α-aminoácidos padrão, o Fmoc-beta-Ala-OH contém o grupo amino na posição β (carbono 3) em relação ao ácido carboxílico, resultando em uma estrutura de três carbonos (H₂N-CH₂-CH₂-COOH) em vez da estrutura de dois carbonos da α-alanina.

Fmoc-Gln (Trt) -OH (Nα-Fmoc-Nδ-tritil-L-glutamina, CAS 132327-80-1) é um derivado de L-glutamina duplamente protegido apresentando o grupo protetor Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonil) no grupo Nα-amino e o grupo protetor tritil (Trt, trifenilmetil) na amida da cadeia lateral Nδ. Esta estratégia única de proteção dupla aborda eficazmente os desafios inerentes à incorporação de glutamina na síntese de peptídeos.

Fmoc-7-Me-Trp-OH (N-Fmoc-7-metil-L-triptofano, CAS 1808268-53-2) é um derivado de aminoácido não proteinogênico protegido por Fmoc apresentando uma substituição 7-metil no anel indol do L-triptofano. A estrutura molecular consiste no grupo protetor fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) ligado ao grupo α-amino através de uma ligação carbamato, com um núcleo 7-metil-L-triptofano contendo um ácido carboxílico no terminal C.

Fmoc-Glu (OtBu) -OH · H₂O (monohidrato de éster γ-terc-butílico do ácido Fmoc-L-glutâmico, CAS 204251-24-1) é um derivado protegido por Fmoc do ácido L-glutâmico no qual o grupo γ-carboxila da cadeia lateral é protegido como um éster terc-butílico. A molécula apresenta o grupo Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonil) no terminal N para proteção temporária durante SPPS, um ácido α-carboxílico livre para alongamento da cadeia peptídica e um éster terc-butílico (OtBu) protegendo o carboxilato da cadeia lateral.

Fmoc-L-Pen(Acm)-OH (Fmoc-S-acetamidometil-L-penicilamina, CAS 201531-76-2) é um derivado protegido por Fmoc do aminoácido não natural L-penicilamina (β,β-dimetilcisteína). A molécula apresenta um núcleo de penicilamina com uma substituição terc-butil (gem-dimetil) no carbono β, um ácido carboxílico livre e um grupo protetor Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonil) N-terminal. O grupo tiol da penicilamina é protegido por um grupo acetamidometil (Acm), que serve como uma porção protetora de tiol que é estável sob condições padrão de Fmoc SPPS e pode ser removido seletivamente usando acetato de mercúrio ou iodo para revelar o tiol livre para formação de ligações dissulfeto.

Fmoc-ThpGly-OH (ácido Fmoc-4-amino-tetra-hidropirano-4-carboxílico, CAS 285996-72-7) é um aminoácido não natural protegido por Fmoc especializado que apresenta um anel de tetra-hidropirano fundido ao centro de carbono alfa. A molécula consiste em um anel rígido de tetra-hidropirano (oxano) de seis membros com um grupo amino na posição 4, que é protegido pelo grupo Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonil), e uma funcionalidade ácido carboxílico no mesmo carbono.