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Fmoc-Met (O2) -OH (N-α-Fmoc-L-metionina sulfona, CAS 163437-14-7) é um derivado de L-metionina protegido por Fmoc no qual o átomo de enxofre foi totalmente oxidado ao estado de oxidação de sulfona (R-SO₂-R). Esta modificação estrutural altera fundamentalmente as propriedades eletrônicas e estéricas da cadeia lateral da metionina: o grupo sulfona introduz dois átomos de oxigênio que aumentam significativamente a polaridade do resíduo enquanto eliminam a funcionalidade tioéter sensível a redox presente na metionina nativa.

Fmoc-Ado-OH (ácido Fmoc-8-amino-3,6-dioxaoctanóico, também conhecido como Fmoc-AEEA ou Fmoc-NH-PEG₂-CH₂COOH) é um derivado de ácido amino-PEG₂-acético protegido por Fmoc apresentando um espaçador flexível de polietilenoglicol (PEG) entre a amina protegida por Fmoc e o ácido carboxílico terminal. A molécula consiste em uma amina primária protegida por Fmoc ligada a um ácido carboxílico através de um espaçador de ácido 3,6-dioxaoctanóico - uma cadeia PEG₂ hidrofílica que confere solubilidade em água e flexibilidade conformacional.

Fmoc-5-Hydroxy-Nva (TBDPS) -OH (N-fluorenilmetoxicarbonil-5-(tert-butildifenilsilil)oxi-L-norvalina) é um derivado de aminoácido não proteinogênico protegido por Fmoc especializado que apresenta uma modificação hidroxila na cadeia lateral da norvalina. A molécula incorpora o grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) lábil ao ácido protegendo o terminal N, enquanto o grupo hidroxila da cadeia lateral é mascarado pelo grupo protetor terc-butildifenilsilil (TBDPS) - um éter silílico volumoso e estável em ácido que fornece proteção ortogonal durante a síntese de peptídeos.

Fmoc-Pro-Pro-OH (N-fluorenilmetoxicarbonil-L-prolil-L-prolina) é um dipeptídeo protegido por Fmoc composto por dois resíduos de L-prolina ligados através de uma ligação peptídica. A molécula apresenta o grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) lábil ao ácido protegendo o terminal N, enquanto o ácido carboxílico C-terminal permanece livre para reações de acoplamento. A presença de dois resíduos de prolina consecutivos confere rigidez conformacional significativa à estrutura peptídica devido à estrutura única do anel de pirrolidina cíclica da prolina, que restringe a flexibilidade da estrutura e promove a formação de estruturas secundárias helicoidais e giratórias.

Fmoc-Phe (4-tBu) -OH (Fmoc-4-tert-butil-L-fenilalanina, CAS 213383-02-9) é um derivado de aminoácido aromático protegido por fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) empregado como um bloco de construção na síntese de peptídeos em fase sólida. A molécula apresenta um grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) protegendo a funcionalidade α-amino e um substituinte 4-terc-butil volumoso no anel fenil da cadeia lateral da fenilalanina.

Fmoc-beta-HGlu (OtBu) -OH (éster 6-terc-butílico do ácido Fmoc-L-β-homoglutâmico, CAS 203854-49-3) é um derivado de β-aminoácido especializado projetado para síntese de peptídeos em fase sólida Fmoc / t-Bu. A molécula apresenta um grupo protetor 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) na função amino e um éster terc-butílico protegendo a função carboxila da cadeia lateral na posição 6. A estrutura do ácido β-homoglutâmico estende a cadeia peptídica em um átomo de carbono em comparação com o ácido glutâmico padrão, proporcionando propriedades conformacionais e funcionais únicas.