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Boc-Gly-Gly-OH (N-(tert-butoxicarbonil)glicilglicina) é um dipeptídeo protegido por Boc que consiste em dois resíduos de glicina ligados por uma ligação amida, com um grupo terc-butiloxicarbonil (Boc) protegendo a funcionalidade amino N-terminal. A fórmula molecular é C₉H₁₆N₂O₅ com peso molecular de 232,23 g/mol. A estrutura apresenta um grupo terc-butiloxicarbonila que serve para proteger os resíduos de glicina durante processos complexos de montagem de peptídeos.

Boc-L-Homophe-OH (N-Boc-L-homofenilalanina) é um aminoácido não natural protegido por Boc apresentando um grupo terc-butiloxicarbonil (Boc) protegendo a funcionalidade α-amino e uma cadeia lateral de homofenilalanina - um grupo fenilpropil que se estende do carbono α. A fórmula molecular é C₁₅H₂₁NO₄ com peso molecular de 279,33 g/mol. A presença do grupo Boc torna o grupo amino inerte sob uma ampla gama de condições de reação, permitindo manipulações seletivas no terminal ácido carboxílico ou em outro local da molécula.

Boc-Asn-OH (Nα-(tert-Butoxicarbonil)-L-asparagina, CAS 7536-55-2) é um derivado protegido por Boc do aminoácido natural L-asparagina. A molécula apresenta um grupo protetor terc-butiloxicarbonil (Boc) ligado ao grupo α-amino, salvaguardando a funcionalidade da amina durante a síntese do peptídeo enquanto deixa o grupo carboxila e a carboxamida da cadeia lateral disponíveis para transformações seletivas.

Boc-D-Leu-OH·H₂O (N-Boc-D-leucina monohidratada, CAS 16937-99-8) é a forma cristalina monohidratada e protegida com N-Boc do enantiômero D não natural do aminoácido essencial leucina. A molécula apresenta um grupo protetor terc-butiloxicarbonil (Boc) ligado ao grupo α-amino da D-leucina, protegendo a amina durante a síntese do peptídeo enquanto preserva o ácido carboxílico livre para reações de acoplamento.

O acetato de Boc-metioninatiol (CAS 139429-04-2) é um derivado de aminoácido protegido por Boc especializado com funcionalidade tioacetato. A molécula incorpora um grupo protetor terc-butiloxicarbonil (Boc) na porção amino, combinado com uma estrutura tiol derivada de metionina que foi acetilada para formar o derivado tioacetato (S-acetil).

Boc-Ala-OH (N-(tert-Butoxicarbonil)-L-alanina) é um derivado de aminoácido protegido por Boc apresentando um grupo protetor terc-butiloxicarbonil (Boc) ligado ao grupo α-amino de L-alanina. A molécula consiste em um carbono quiral central contendo um grupo amino (protegido como um carbamato), um ácido carboxílico e uma cadeia lateral de metila – a estrutura de aminoácido quiral mais simples.