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Fmoc-Hser (Trt) -OH (N-α-fluorenilmetoxicarbonil-O-tritil-L-homosserina) é um derivado de aminoácido protegido com Fmoc especializado apresentando um grupo protetor tritil (trifenilmetil) na hidroxila da cadeia lateral da homosserina. A estrutura da homosserina apresenta uma unidade metileno adicional em comparação com a serina, estendendo o comprimento da cadeia lateral em um átomo de carbono, o que oferece flexibilidade conformacional única quando incorporada em peptídeos sintéticos. O grupo protetor de tritila exibe excepcional labilidade ácida - clivável sob condições ácidas suaves, como 1% de TFA em DCM contendo 5% de TIS - permitindo assim que o grupo hidroxila da cadeia lateral seja modificado seletivamente enquanto o derivado permanece ligado ao suporte sólido durante a síntese de peptídeos em fase sólida (SPPS).

Fmoc-L-4-Nitro-Phe-OH (N-α-fluorenilmetoxicarbonil-4-nitro-L-fenilalanina) é um derivado de fenilalanina protegido por Fmoc de configuração L de alta pureza apresentando um grupo nitro que retira elétrons na posição para do anel aromático. Como o enantiômero natural da fenilalanina, a configuração L mantém a orientação estereoquímica encontrada em proteínas e peptídeos nativos, tornando o Fmoc-L-4-Nitro-Phe-OH o bloco de construção preferido para a síntese de peptídeos bioativos que retêm propriedades conformacionais e funcionais nativas.

Fmoc-D-Phe-OH (N-[(9H-Fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-D-fenilalanina, fórmula molecular C₂₄H₂₁NO₄) é uma forma protegida por N‑Fmoc do D‑enantiômero não natural do aminoácido aromático fenilalanina. Estruturalmente, a molécula consiste em um grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) ligado ao nitrogênio α-amino da D-fenilalanina por meio de uma ligação carbamato, com um ácido carboxílico livre no terminal C. O grupo Fmoc é ortogonal aos grupos protetores de cadeia lateral lábeis em ácido e é rapidamente clivado sob condições básicas suaves (normalmente 20% de piperidina em DMF), sem afetar a integridade das cadeias peptídicas em crescimento ou a ligação da resina Wang/Trt.

Fmoc-Cys(Acm)-OH (N-α-Fmoc-S-acetamidometil-L-cisteína) é um derivado de cisteína ortogonalmente protegido onde o grupo tiol é mascarado pelo grupo protetor acetamidometil (Acm) e a função α-amino é protegida pelo grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc). A proteção Acm é estável ao ácido trifluoroacético (TFA), permitindo a desproteção seletiva de tióis de cisteína durante a síntese de peptídeos em fase sólida Fmoc sem expor o peptídeo às condições de clivagem ácida necessárias para grupos protetores de cadeia lateral padrão.

Fmoc-Gly-OH (N-9-fluorenilmetoxicarbonilglicina) é o bloco de construção de aminoácidos protegido por Fmoc mais simples. O grupo Fmoc protege a função α-amino da glicina, permitindo sua incorporação em cadeias peptídicas no Fmoc SPPS. Como o menor e mais flexível aminoácido conformacionalmente, a glicina não introduz nenhum obstáculo estérico na cadeia lateral, permitindo que o Fmoc-Gly-OH seja eficientemente acoplado em todas as posições de uma sequência peptídica com risco mínimo de racemização.

O produto é Fmoc-Pro-OH (N-[(9H-Fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-L-prolina, também conhecido como Fmoc-L-prolina), um elemento fundamental na síntese moderna de peptídeos. Estruturalmente, a molécula apresenta um resíduo de prolina bicíclico - incorporando exclusivamente uma amina secundária como parte de um anel de pirrolidina rígido - protegido em seu terminal N pelo grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) lábil à base, que serve como padrão ouro grupo protetor de amina na síntese de peptídeos em fase sólida.