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Fmoc-Glu (OtBu) -OH · H₂O (monohidrato de éster γ-terc-butílico do ácido Fmoc-L-glutâmico, CAS 204251-24-1) é um derivado protegido por Fmoc do ácido L-glutâmico no qual o grupo γ-carboxila da cadeia lateral é protegido como um éster terc-butílico. A molécula apresenta o grupo Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonil) no terminal N para proteção temporária durante SPPS, um ácido α-carboxílico livre para alongamento da cadeia peptídica e um éster terc-butílico (OtBu) protegendo o carboxilato da cadeia lateral.

Fmoc-L-Pen(Acm)-OH (Fmoc-S-acetamidometil-L-penicilamina, CAS 201531-76-2) é um derivado protegido por Fmoc do aminoácido não natural L-penicilamina (β,β-dimetilcisteína). A molécula apresenta um núcleo de penicilamina com uma substituição terc-butil (gem-dimetil) no carbono β, um ácido carboxílico livre e um grupo protetor Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonil) N-terminal. O grupo tiol da penicilamina é protegido por um grupo acetamidometil (Acm), que serve como uma porção protetora de tiol que é estável sob condições padrão de Fmoc SPPS e pode ser removido seletivamente usando acetato de mercúrio ou iodo para revelar o tiol livre para formação de ligações dissulfeto.

Fmoc-ThpGly-OH (ácido Fmoc-4-amino-tetra-hidropirano-4-carboxílico, CAS 285996-72-7) é um aminoácido não natural protegido por Fmoc especializado que apresenta um anel de tetra-hidropirano fundido ao centro de carbono alfa. A molécula consiste em um anel rígido de tetra-hidropirano (oxano) de seis membros com um grupo amino na posição 4, que é protegido pelo grupo Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonil), e uma funcionalidade ácido carboxílico no mesmo carbono.

Fmoc-Met (O2) -OH (N-α-Fmoc-L-metionina sulfona, CAS 163437-14-7) é um derivado de L-metionina protegido por Fmoc no qual o átomo de enxofre foi totalmente oxidado ao estado de oxidação de sulfona (R-SO₂-R). Esta modificação estrutural altera fundamentalmente as propriedades eletrônicas e estéricas da cadeia lateral da metionina: o grupo sulfona introduz dois átomos de oxigênio que aumentam significativamente a polaridade do resíduo enquanto eliminam a funcionalidade tioéter sensível a redox presente na metionina nativa.

Fmoc-Ado-OH (ácido Fmoc-8-amino-3,6-dioxaoctanóico, também conhecido como Fmoc-AEEA ou Fmoc-NH-PEG₂-CH₂COOH) é um derivado de ácido amino-PEG₂-acético protegido por Fmoc apresentando um espaçador flexível de polietilenoglicol (PEG) entre a amina protegida por Fmoc e o ácido carboxílico terminal. A molécula consiste em uma amina primária protegida por Fmoc ligada a um ácido carboxílico através de um espaçador de ácido 3,6-dioxaoctanóico - uma cadeia PEG₂ hidrofílica que confere solubilidade em água e flexibilidade conformacional.

Fmoc-5-Hydroxy-Nva (TBDPS) -OH (N-fluorenilmetoxicarbonil-5-(tert-butildifenilsilil)oxi-L-norvalina) é um derivado de aminoácido não proteinogênico protegido por Fmoc especializado que apresenta uma modificação hidroxila na cadeia lateral da norvalina. A molécula incorpora o grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) lábil ao ácido protegendo o terminal N, enquanto o grupo hidroxila da cadeia lateral é mascarado pelo grupo protetor terc-butildifenilsilil (TBDPS) - um éter silílico volumoso e estável em ácido que fornece proteção ortogonal durante a síntese de peptídeos.