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Fmoc-D-Tyr(Et)-OH (N‑[(9H‑fluoren‑9‑ilmetoxi)carbonil]‑O‑etil‑D‑tirosina; C26H25NO5; PM 431,49 g/mol) é um derivado O‑etilado protegido por N‑α‑Fmoc do aminoácido D‑tirosina não natural. A arquitetura molecular compreende um carbamato de fluorenilmetoxicarbonil protegendo o grupo α-amino, um terminal de ácido carboxílico livre para formação de ligação amida e uma cadeia lateral p-etoxibenzil onde o –OH fenólico da tirosina foi alquilado ao éter etílico (–OEt).

Fmoc-Val-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-L-valina; C20H21NO4; PM 339,39 g/mol) é um derivado protegido por N‑α‑Fmoc do aminoácido de cadeia ramificada L‑valina. A estrutura molecular compreende um carbamato de fluorenilmetoxicarbonil ligado ao grupo α-amino da L-valina, com um terminal ácido carboxílico livre disponível para a formação da ligação amida.

Fmoc-Leu-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-L-leucina; C21H23NO4; PM 353,42 g/mol) é um derivado protegido por N‑α‑Fmoc (fluorenilmetiloxicarbonil) do aminoácido essencial de cadeia ramificada L‑leucina. A arquitetura molecular consiste em um carbamato de fluorenilmetoxicarbonila ligado ao grupo α-amino da L-leucina, enquanto o terminal ácido carboxílico permanece livre para subsequente formação de ligação amida.

Fmoc-Glu-OAll (éster α-alílico do ácido N-α-Fmoc-L-glutâmico, IUPAC: ácido (4S)-4-(9H-fluoren-9-ilmetoxicarbonilamino)-5-oxo-5-prop-2-enoxipentanóico) é um derivado do ácido glutâmico protegido ortogonalmente que carrega um grupo Fmoc lábil à base no terminal α-amino e um alil éster (OAll) protegendo o grupo α-carboxila, enquanto a cadeia lateral γ-carboxila permanece um ácido carboxílico livre.

Fmoc-Asp (OAll) -OH (éster α-alílico do ácido N-α-Fmoc-L-aspártico, IUPAC: ácido (2S) -2- (9H-fluoren-9-ilmetoxicarbonilamino) -4-oxo-4-prop-2-enoxibutanóico) é um derivado do ácido aspártico ortogonalmente protegido com duas estratégias de proteção distintas: um Fmoc lábil à base grupo (9-fluorenilmetoxicarbonil) protegendo o terminal α-amino e um éster alílico (OAll) protegendo o grupo α-carboxil.

Fmoc-D-Ser(tBu)-OH (N-[(9H-fluoren-9-ilmetoxi)carbonil]-O-terc-butil-D-serina) é um derivado protegido por N-Fmoc e protegido por O-terc-butil do aminoácido não natural D-serina. A estrutura compreende um grupo 9-fluorenilmetiloxicarbonil (Fmoc) ligado ao grupo α-amino e um grupo éter terc-butílico (tBu) instável em ácido que protege a hidroxila da cadeia lateral. Este esquema de proteção ortogonal - Fmoc lábil à base na amina, tBu lábil ao ácido na cadeia lateral - é fundamental para o seu papel na síntese de peptídeos em fase sólida de Fmoc (SPPS).