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Oxalato de H-N-Me-Trp(Boc)-OAll (oxalato de terc-butil (S)-3-(3-(aliloxi)-2-(metilamino)-3-oxopropil)-1H-indol-1-carboxilato) é um derivado de triptofano N-metilado especializado com proteção ortogonal de seus três grupos funcionais. A molécula incorpora um grupo Nα-metil (H-N-Me), um nitrogênio indol protegido por Boc e um grupo protetor de éster alílico (OAll) no terminal C.

Boc-Val-OH (N-(tert-Butoxicarbonil)-L-valina) é um derivado protegido por Boc do aminoácido essencial de cadeia ramificada L-valina. A molécula consiste em um núcleo de valina com seu grupo α-amino protegido por um grupo terc-butoxicarbonil (Boc), enquanto o ácido carboxílico permanece livre para reações de acoplamento. Esta estratégia de protecção torna o grupo amino inerte sob condições básicas e nucleofílicas, permitindo ao mesmo tempo a desprotecção selectiva sob condições ácidas (tipicamente TFA).

Boc-Arg-OH·H2O·HCl (cloridrato de Na-(terc-butoxicarbonil)-L-arginina monohidratado) é um derivado protegido da arginina apresentando um grupo terc-butoxicarbonil (Boc) protegendo o grupo α-amino, apresentado como o sal cloridrato monohidratado. A molécula consiste em uma estrutura de L-arginina com o grupo α-amino mascarado pelo carbamato Boc, a cadeia lateral do guanidínio intacta e o ácido carboxílico apresentado como ácido livre.

Boc-Cys(Acm)-OH (Boc-S-acetamidometil-L-cisteína) é um derivado de cisteína duplamente protegido apresentando um grupo terc-butoxicarbonil (Boc) protegendo o grupo α-amino e um grupo acetamidometil (Acm) protegendo a cadeia lateral tiol. A molécula consiste em uma estrutura de L-cisteína com o grupo α-amino mascarado pelo carbamato Boc e a funcionalidade tiol protegida como um tioéter S-acetamidometil.

Boc-4-cloroanilina (terc-butil N-(4-clorofenil)carbamato) é um derivado de anilina protegido apresentando um grupo terc-butoxicarbonil (Boc) ligado ao nitrogênio da 4-cloroanilina. A molécula consiste em um anel de benzeno para-clorado conectado a uma porção carbamato, onde o grupo Boc serve como um grupo protetor robusto para o nitrogênio da anilina.

Boc-Gly-OH (N-tert-Butoxicarbonilglicina) é o aminoácido protegido por N-Boc mais simples, apresentando uma estrutura de glicina com um grupo protetor Boc (terc-butoxicarbonil) ligado ao grupo α-amino. A molécula consiste em um resíduo de glicina – o menor e mais flexível aminoácido conformacionalmente – com o grupo Boc fornecendo proteção temporária da funcionalidade amino durante a síntese do peptídeo.